1. Doanh nghiệp phải lập hóa đơn điện tử đối với nguyên vật liệu, thành phẩm, máy móc, công cụ, dụng cụ tạm xuất tái nhập, tạm nhập tái xuất; hàng hóa xuất dưới các hình thức cho vay, cho mượn hoặc nhận hoàn trả hàng hóa:- Khi tạm xuất tái nhập, tạm nhập tái xuất nguyên vật liệu, thành phẩm, máy móc, công cụ, dụng cụ, hoặc xuất hàng hóa dưới các hình thức cho vay, cho mượn hoặc nhận hoàn trả hàng hóa, DN đã thực hiện thủ tục hải quan, và xuất hóa đơn thương mại theo đúng quy định. Cơ quan Hải quan quản lý rất chặt chẽ đối với các hoạt động này.- Hoạt động này của DN không phải là hoạt động bán hàng, dịch vụ, không nhằm mục đích tạo ra lợi nhuận, doanh thu tại thị trường Việt Nam mà chỉ hỗ trợ cho hoạt động sản xuất sản phẩm xuất khẩu của DN và chỉ thực hiện trong thời gian nhất định.Vì vậy, việc phải xuất thêm hóa đơn nội địa của Hệ thống Thuế sẽ làm phát sinh thủ tục, tăng thêm nhân lực của doanh nghiệp.2. Thời điểm lập hóa đơn: Đối với trường hợp xuất khẩu hàng hóa (bao gồm cả gia công xuất khẩu), thời điểm lập hóa đơn không quá 24h kể từ thời điểm cơ quan hải quan xác nhận hoàn tất thủ tục hải quan trên tờ khai hải quan- Đối với doanh nghiệp ưu tiên và các đối tác với doanh nghiệp ưu tiên được phép hoàn thành thủ tục hải quan trong vòng 30 ngày kể từ lúc xuất, nhập hàng hóa. Do đó, việc quy định xuất hóa đơn trong vòng 24h kể từ thời điểm cơ quan hải quan xác nhận hoàn tất thủ tục hải quan trên tờ khai hải quan gây khó khăn cho DN do thời gian xử lý hải quan còn phụ thuộc vào kế hoạch của tàu...Vì vậy, DN mong muốn Thuế cũng tại điều kiện cho DN ưu tiên được thực hiện theo thời gian quy định như của Hải quan.- Điều 9 quy định thời điểm lập hóa đơn là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa trong khi đó điều 13 lại quy định cơ sở phải lập hóa đơn sau khi làm xong thủ tục hải quan tạo ra sự không thống nhất cho DN. Theo thông lệ quốc tế, thời điểm chuyển giao hàng hóa theo incoterm là thời điểm phù hợp để xác định hoạt động xuất khẩu.3. Hệ thống hóa đơn chưa có chức năng tra cứu thông tin hóa đơn điện tử đầu vào của chi nhánh phụ thuộc: Đối với doanh nghiệp có chi nhánh hạch toán phụ thuộc, doanh nghiệp chỉ có 1 bộ phận kế toán ở trụ sở chính thực hiện toàn bộ quá trình quản lý, vận hành chung về hệ thống hóa đơn cho trụ sở chính lẫn chi nhánh phụ thuộc. Tuy nhiên, hiện nay, tài khoản tra cứu của trụ sở chính chỉ tra cứu được hóa đơn đầu vào của trụ sở mà không thể tra cứu được của chi nhánh phụ thuộc. Điều này gây khó khăn cho bộ phận kế toán trong việc kiểm soát, quản lý vận hành hệ thống hóa đơn của doanh nghiệp.

1. Lập hóa đơn điện tử đối với nguyên vật liệu, thành phẩm, máy móc, công cụ, dụng cụ tạm xuất tái nhập, tạm nhập tái xuất; hàng hóa xuất dưới các hình thức cho vay, cho mượn hoặc nhận hoàn trả hàng hóa:Việc phải xuất thêm hóa đơn nội địa của Hệ thống Thuế sẽ làm phát sinh thủ tục, tăng thêm nhân lực của doanh nghiệp nên DN đề xuất bỏ các quy định này giúp DN đơn giản hóa các thủ tục và hoạt động được quản lý tập trung bởi 1 đầu mối là Hải quan. 2. Thời điểm lập hóa đơn:- Bỏ quy định lập hóa đơn trong vòng 24h- Sửa thời điểm xuất hóa đơn tại Điều 13 theo Điều 93. Chúng tôi đề xuất bổ sung quy định về cho phép tra cứu dữ liệu hóa đơn đầu vào của chi nhánh phụ thuộc bằng bổ sung thêm tại Điều 48 của Dự thảo thành “3. Tài khoản tra cứu hóa đơn do Tổng cục thuế cấp của trụ sở chính được phép tra cứu hóa đơn đầu vào của cả trụ sở chính và cho các chi nhánh phụ thuộc."