Thông tư 20/2017/TT-BYT và sửa đổi bổ sung tại Thông tư 29/2020 đến hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp dược. Đây là một trong những quy định hiện đang gây gánh nặng và chi phí tuân thủ lớn nhất của cộng đồng các doanh nghiệp sản xuất thuốc và dược phẩm trong nước.Mục tiêu của việc ban hành Phụ lục VII nhằm giảm thiểu việc sử dụng chất cấm trong ngành nông nghiệp. Tuy nhiên, kết quả phân tích cho thấy, tình trạng sử dụng kháng sinh và chất cấm trong sản xuất nông nghiệp vẫn diễn ra khá phổ biến do việc kiểm soát quá trình phân phối thuốc thú y nhập khẩu không chặt chẽ, việc mua thuốc kháng sinh sử dụng trong sản xuất nông nghiệp được thực hiện dễ dàng. Quan trọng hơn, việc đưa Danh mục chất cấm sử dụng trong lĩnh vực chăn nuôi, thuỷ sản, thú y thuộc Phụ lục VII vào Danh mục thuốc, dược chất phải kiểm soát đặc biệt đã gây tác động tiêu cực đối với sự phát triển của ngành dược, đặc biệt là các doanh nghiệp nghiệp sản xuất thuốc chữa bệnh trong nước và thiếu hụt cung ứng thuốc thiết yếu trong nước, đẩy chi phí thuốc chữa bệnh người dân phải chi trả lên cao. Ước tính có khoảng 240 doanh nghiệp sản xuất thuốc, 130 doanh nghiệp xuất nhập khẩu thuốc, 4,600 doanh nghiệp bán buôn và 66,000 cơ sở bán lẻ thuốc trong cả nước có thể bị ảnh hưởng ở các cấp độ khác nhau bởi quy định này. Người dân cũng phải chi trả thuốc nhập khẩu với hoạt chất và hàm lượng tương tự do doanh nghiệp trong nước sản xuất với mức giá chênh lệch từ 1,2 tới 22,1 lần.

Kinh nghiệm quản lý thuốc ở các nước phát triển cho thấy có tới 58/60 thuốc và dược chất thuộc Phụ lục VII Thông tư 20 không thuộc nhóm thuốc phải kiểm soát đặc biệt trong lĩnh vực dược phẩm chữa bệnh cho người và chỉ cần quản lý theo cơ chế dành cho thuốc kê đơn. Do đó, để giải quyết bất cập hiện nay, cần rút ngắn thời gian cấp giấy phép và kim ngạch nhập khẩu đối với 58/60 thuốc, dược chất trong Phụ lục VII nhằm mục đích chữa bệnh cho con người từ trung bình 4 tháng 10 ngày hiện nay xuống còn mức 0-1 tháng như với các thuốc không thuộc Danh mục KSĐB. Doanh nghiệp dược không cần xin duyệt hạn ngạch mà chỉ cần thông báo tới Cục Quản lý Dược nhu cầu nhập khẩu nguyên liệu, thành phẩm tương tự các thuốc khác không thuộc Danh mục KSĐB. Đồng thời, tiến hành sửa đổi trong thời gian sớm nhất Thông tư 20/2017/TT-BYT, sửa đổi bổ sung tại Thông tư 29/2020/TT-BYT theo hướng quy định quản lý theo cơ chế quản lý của thuốc kê đơn đối với 58/60 thuốc, dược chất phục vụ hoạt động chữa bệnh cho con người thuộc Phụ lục VII về Danh mục chất cấm trong một số ngành, lĩnh vực (trừ 19 Nor-testosterone (tên gọi khác là Nandrolone) và Chlorpromazine cần quản lý theo danh mục thuốc, dược chất gây nghiện, hướng thần). Bên cạnh đó, để tăng cường quản lý, cơ quan quản lý nhà nước cần ban hành và áp dụng cơ chế hậu kiểm cũng như có chế tài xử phạt nặng đối với các doanh nghiệp vi phạm quy định, sử dụng sai mục đích thuốc, dược chất trong Phụ lục VII.Về dài hạn, cần giải quyết một cách cơ bản hơn theo hướng sửa đổi Luật Dược2016 và bãi bỏ điểm d Khoản 26 Điều 2 Luật Dược 2016 trong đó quy định thuốc, dược chất thuộc danh mục chất bị cấm sử dụng trong một số ngành, lĩnh vực thuộc Danh mục thuốc, nguyên liệu làm thuốc phải kiểm soát đặc biệt. Qua đó bãi bỏ điểm d khoản 1 Điều 1 và Phụ lục VII của Thông tư 20/2017/TT-BYT: Không quản lý Danh mục thuốc, dược chất thuộc danh mục cấm trong một số ngành, lĩnh vực theo hình thức kiểm soát đặc biệt đối với ngành dược.Trong ngành nông nghiệp, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn cần tăng cường quản lý, giám sát các chất cấm trong lĩnh vực chăn nuôi, thuỷ sản, thú y phục vụ công tác quản lý nhà nước, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm và sức khỏe người tiêu dùng. Cần tăng cường kiểm soát nguồn cung ứng và phân phối thuốc thú y thuộc danh mục chất cấm thông qua biện pháp quản lý thuốc kháng sinh cho thú y như với thuốc kê đơn đã được khuyến nghị lâu nay cần được ban hành và áp dụng triệt để.